在古代，斑鳖曾广泛分布于中国长江下游和太湖地区。古人称之为癞头鼋。由于肆意捕杀和生态环境遭到破坏，自1972年以来，未发现任何野生个体。可确认的尚存活的个体仅有两只。苏州动物园有一只雄性；长沙动物园有一只雌性，已迁至苏州动物园实施人工繁殖（2019年4月13日13:20，这只雌性斑鳖在苏州动物园人工受精时死亡）。 [2]  另外，苏州西园寺放生池内有一雌一雄两只，雄性（名为方方）已于2007年8月死亡，雌性并未实际观测到；上海动物园和北京动物园的两只个体分别于2006年底和2005年死亡。另外有消息说美国研究人员在越南北部观察到一只野生斑鳖。越南河内还剑湖中尚存一只，传说曾背负宝剑送给越南后黎朝黎太祖，助其夺取天下，但也有学者认为该鳖是单独物种，称其为还剑鳖（越南语：Rùa Hồ Gươm）。

虽然早在1873年便已命名，但长期以来斑鳖一直被误认为是鼋或中华鳖，直到2002年后才被确认为有效种。

斑鳖曾广泛分布在长江下游、云南南部红河流域以及越南北部。相传清朝杭州藩司衙门门前有两座石栏围绕的大池，其中隐藏着藩库的水门。看守水门的大鼋就在池中，杭州人称之为“癫头鼋”。这些传说较难查证，但“藩司前看癞头鼋”，是杭州城里市井中的一景，亘亘数十年不改。曾生活在南京的曹雪芹在《红楼梦》中提到过斑鳖。第二十三回《西厢记妙词通戏语，牡丹亭艳曲警芳心》中，贾宝玉说：“明儿我掉在池子里，教个癞头鼋吞了去，变个大王八，你明儿做了‘一品夫人’病老归西的时候，往你坟上替你驮一辈子的碑去。”

《清嘉录·枫桥倚棹录》有一首《西园观神鼋》诗，记录着“大鼋”在西园寺放生池中自由自在生活的情景：九曲红桥花影浮，西园池内碧如油。劝郎且莫投香饵，好看神鼋自在游。

1873年，英国学者John Gray将驻上海的一个英国领事在上海附近捕获的几只大鳖定为新种，命名为斯氏鳖（Osaria swinhoei）；除获得一个博物馆标本，经过十几年的寻找，未发现任何一个斑鳖的野生种群。后来，学者梅尔兰将斯氏鳖（Osaria swinhoei）更改为Rafetus swinhoei。1880年，法国人Heude又将在黄浦江抓到的大鳖定为一新种Yuen maculatus，并撰文指出新种与大鼋迥然不同。但由于当时人们一直称呼它为鼋，所以它就入乡随俗将其叫做斑鼋。据研究，Gray定名的斯氏鳖实际上就是Heude命名的斑鼋。 1984年，中国学者张明华对浙江省桐乡县罗家角新石器时代遗址中出土的鼋骨骼亚化石进行了研究，定名为太湖鼋。

其实，太湖鼋就是斑鳖，因为张明华当时没有参考英、法学者的文献。 前文提到的癞头鼋、大鼋、斯氏鳖、斑鼋、太湖鼋都是斑鳖。在之后的漫长岁月里，中国学者几乎无任何后续报道，甚至连它是否为有效种、它的地理分布和生活习性也一无所知，因而在中国鳖科动物分类上，曾一度呈现混乱局面——被认为是中华鳖的同物异名，虽然发现过不少个体，但都被鉴定为鼋、斑鼋等物种；中国所有动物园和博物馆里的斑鳖标本都被错误地鉴定为鼋。

苏州动物园园长陈大庆介绍，苏州动物园的这只斑鳖解放前就在这儿了，“苏州动物园建园前是一所古老殡舍，俗称‘昌善局’，专供有钱人家寄存尸体棺木。原昌善局内有园林，旱船、假山、亭榭及池塘等一应俱全，苏南地区的居民素有购买龟、鳖、鱼等在寺庙水池中放生的传统习俗，现存的斑鳖就是在解放前所放生的。”

“1954年建园时，还有大小不一的十余只斑鳖，遗憾的是，当时把它当成了另一个物种——鼋，而且也没有对其很好地采取保护措施，至今只存活一只了。”1993年，陈大庆刚到苏州动物园工作时，就只剩下这只斑鳖。“它的裙边少了一块，是以前和其他斑鳖打架被咬掉的。”

斑鳖数量减少的原因之一就是人们把它当作鼋，没有引起重视。为斑鳖正名是上个世纪90年代的事。苏州动物园为支持苏州科技学院生物系建设，曾赠送了两只俗称“癞头鼋”的大鼋标本。苏州市科技学院生物系教授赵肯堂对其头骨、背、腹甲等进行了细致研究，发现这两只“癞头鼋”是斑鳖。经过多年研究，赵肯堂提出了大量证据，证明斑鳖是一个独特的物种，他是中国为斑鳖正名第一人。1992年起，赵肯堂多方奔走，为拯救斑鳖殚精竭虑，他的呼吁引起了反响，苏州市民从此把斑鳖看做国宝。然而，遗憾的是，赵肯堂2007年年初因病去世。其实，1873年，这个物种已经确定下来了，但后来专家都不认可。小的时候把它当中华鳖，大的时候就把它当鼋。就是90年代，赵肯堂研究发现确实存在这个物种。

由于被认为是其他物种，人类没有引起足够的重视，斑鳖的悲剧不断发生。2005年10月，北京动物园的雌性斑鳖离世，距离它从“鼋”正名为“斑鳖”仅一年。2006年12月16日，在上海动物园两栖爬行馆内，一头斑鳖始终未能得见任何同类，在游客投掷的硬币的包围中，孤寂地终其一生。其时，距离为它“验明正身”还不到3个月。

意识到斑鳖的重要性之后，2005年中国动物园协会在其网站上发文介绍斑鳖的特征，以便从其所属的动物园里发现斑鳖。

该种于1873年由John Gray所命名。标本是当时英国政府驻上海领事Robert Swinhoei先生送给英国博物馆（B.M.）的。据说是从中国上海的邻近地区采集所得。然而非常遗憾的是，由于幼体和中华鳖相似，成体又和鼋很像，加上缺乏标本，因此在随后的100多年中，斑鳖并没有得到中国动物学界的认可，而被看成是中华鳖或鼋的同物异名。直到1987年，Meylan等重新研究了斑鳖的模式标本，恢复了其有效种的地位，并将之改到Refetus属中。然而，到这个时候，斑鳖在野外几乎绝迹，饲养的个体也寥寥无几了。